重视脾胃、肾命、三焦，是李时珍养生思想的特点。李时珍提出土为元气之母、肾命一体、命门为生气之原，三焦为命门之用等重要观点。脾胃为后天之本、水谷之海、气血生化之源。《内经》对脾胃的解剖、生理，以及脾胃病的病因病理、治疗预防等均有精辟阐述。
李东垣在此基础上，结合时代背景，融合个人体会，在脾胃生理方面强调了与元气的关系，认为人的生命主要依靠元气的维护，而元气是靠脾胃充养的。李时珍在养生方面，也很重视脏腑中的脾胃。有人分析了他60首健脾和胃类方剂，其遣方用药以润燥相济之机为宗旨，其中苍术使用的频率最高，白术次之。他秉承东垣之意，强调脾胃的强弱直接关系到人之寿夭。
在此基础上，明确提出“土为元气之母”（莲藕）、“土者万物之母”（*精）的观点。应当说“土者万物之母”“土为元气之母”是李时珍对于脾胃学说的精确概述，虽然五行之中以土为尊的概念在历代哲学、史学文献中不乏其说，但明确将土（脾胃）的地位提高到“万物之母”“元气之母”的高度，更加突显了脾胃在培养元气、后天养生中的重要性。李时珍曾著《三焦客难》一书，专门辨难三焦学说，惜已亡佚。
李时珍禀承“右肾为命门，属性为火”之说，同时进一步认为命门、三焦、相火、肾是一个互有联系的功能单位。他认为肾命一体，肾脏为先天之本、藏精之所，命门乃相火之主、生气之原，而三焦为命门、相火之用。李时珍在《本草纲目》中对药物的具体阐释体现了其关于肾命、三焦的思想。如他认为入命门的药物有乌附、天雄、硫*、蜀椒、阳起石、蛇床、益智仁、桑螵蛸、补骨脂、韭子、葫芦巴、牵牛、胡桃仁、阿月浑子、莲实、芡实、沉香、乳香、淫羊藿、仙茅、知母等。
其中温补下焦命门阳虚时可用乌附、天雄；补命门真火不足可用硫*；温补右肾命门气分时可用蜀椒、阳起石、蛇床、益智仁；清命门相火有余时用知母。入三焦的药物有胡桃仁、淫羊藿、仙茅、益智、附子、木香、泽泻、胡麻、仙灵脾、乌桕皮、香附等；其中胡桃仁、木香利三焦；补三焦时可用仙茅、益智；逐三焦停水用泽泻；下三焦热*用胡麻；治三焦咳嗽用仙灵脾；治三焦约用乌桕皮。强调辨证，重视奇经八脉李时珍重视奇经八脉在卫生、养生中的独特地位，所谓“医不知此，罔探病机；仙不知此，难安炉鼎”。这是李时珍重视养生，不同于一般医家、养生家的地方，他看到了养生的关键所在。
完善奇经八脉辨证养生重视奇经八脉，需了解奇经八脉无表里配合、并没有拘制于十二正经的特点，所谓“正经犹夫沟渠，奇经犹夫湖泽”之理。正经之脉隆盛则溢于奇经，奇经在养生学说发挥着更加重要的作用。李时珍撰写的《奇经八脉考》不仅系统叙述了八脉分布的路线，还结合八脉所主病证以及各家的论述，完善了奇经八脉的辨证论治。在《本草纲目》中也指出了不少治疗奇经八脉病证的用药。如入冲脉的药有术、当归、王不留行；升麻、芍药、艾、龙骨入带脉，其中升麻可缓其缩急；王不留行、水龟、绿毛龟、鹤入任脉；鹿、羊脊骨通督脉。其中在治疗冲脉为病，逆气里急时用术、当归。因龟鹤能运任脉，鹿能通督脉，均为多寿之物。